As principais causas são o desenfreado desenvolvimento urbano em regiões litorâneas e costeiras, as mudanças climáticas, o desmatamento e a agricultura.
O estudo realizado pelas organizações não-governamentais IUCN e Conservação Internacional (CI) recomenda proteção urgente para os manguezais, que são um dos mais importantes habitats tropicais, cuja perda pode afetar amplamente a biodiversidade e trazer consequências devastadoras para a economia e o meio ambiente. Estima-se que as florestas de mangues sejam responsáveis por prover até 1.6 bilhões de dólares por ano em serviços dos ecossistemas.
Além de sua importância natural para a manutenção da vida nos oceanos, os manguezais protegem localidades costeiras de danos causados por erosões e tempestades; ajudam a repor os estoques pesqueiros, servindo de berçário da vida marinha; e possuem uma incrível capacidade de sequestrar carbono da atmosfera.
A educação ambiental é uma ferramenta necessária à preservação e recuperação dos manguezais. No município, há iniciativas importantes nesse sentido, como o projeto Ecossistemas, desenvolvido pela Cooperativa Educacional de Ubatuba. Um dos produtos desse projeto é o blog dos alunos do 1º ano do E.M., com informações importantes sobre o manguezal. Acesse: http://manguedocaranguejo.blogspot.com